Para obtener la posición (coordenadas) de una capa o cualquier elemento HTML desde JavaScript debemos usar las propiedades offsetTop y offsetLeft para tener la posición vertical y horizontal respectivamente.
Aquí os pongo un pequeño ejemplo que lo ilustra:
<html> <head></head> <body> <div id="myDiv" style="float:right; width:400px; height:200px; background-color:blue;"></div> <div onclick="alert(myDiv.offsetTop);alert(myDiv.offsetLeft);">Posición</div> </body> </html>
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Este ejemplo no es valido cuando el div esta dentro de otros 300 divs